În vara lui 1923, a luat fiinţă „Asociaţia culturală şi sportivă CFR”, adică Rapidul de azi. Pe 25 iunie 1923, muncitorii (cunoscuţi, în acea vreme, sub denumirea de „ciocănari”) de la Atelierele Griviţa s-au întâlnit la Şcoala primară din cartier şi au semnat actul de naştere al echipei CFR Bucureşti. Prin 1922 exista o echipă de fotbal care se antrena şi juca la „Rampa Militari”, pe locul unde se află acum Gara Basarab. Câţiva dintre jucătorii acelei echipe (Tudor Stan, Tudor Petre, Gheorghe Florescu, Gogu Alexandru) aveau să facă parte şi din trupa născută în iunie 1923. Adunaţi într-o sală a Şcolii primare din cartierul Griviţa, cei amintiţi mai sus, dar mai ales lucrătorii de la Atelierele Griviţa (Dumitru Constantinescu, Geza Ginger, Franz Hladt, Grigore Grigoriu sau Teofil Copaci) au luat hotărârea de a întemeia un club sportiv. O altă echipă, Excelsior, activa în cartier. Jucătorii de la „Rampa Militari” şi de la „Excelsior” (Emil Dobrescu, Vasile Constantinescu, Gheorghe Mărculescu, Dumitru Itu) au venit la noua echipă CFR Bucureşti, care l-a ales ca preşedinte pe maistrul Teofil Copaci, iar căpitan al echipei pe strungarul Grigore Grigoriu. Secretar al clubului a fost numit inginerul Aurel Fotiade.
În toamna anului 1923, CFR a debutat în campionatul districtual al Bucureştiului, de unde a fost exclusă pe 25 ianuarie 1925, pentru neprezentarea la meciuri. Cauzele absenţelor au fost lipsa echipamentului şi imposibilitatea de a aduna 11 jucători!
Începând cu 1926, CFR Bucureşti a activat în Categoria a II-a a campionatului Capitalei. În 1928, CFR Bucureşti a câştigat competiţia, dar a pierdut „barajul” de promovare în „Promoţie”, unde a ajuns un an mai târziu. În 1931, CFR a intrat în lumea bună a fotbalului bucureştean, obţinând dreptul de a juca în Categoria “Onoare”. Rezultatele excelente ale feroviarilor aveau să-i propulseze apoi până în Divizia Naţională, sistemul divizionar care a luat fiinţă în vara anului 1932.
După război, în 1950 (când Federaţia copiază sistemul sovietic şi turul s-a jucat primăvara, iar returul toamna, în acelaşi an), echipa îşi schimbă denumirea în Locomotiva Bucureşti, pe care o va păstra timp de opt ani, interval în care a retrogradat de două ori (1951 şi 1954) în eşalonul secund. În vara lui 1958, echipa îşi schimbă (de data asta definitiv) numele, revenindu-se la cel de Rapid, purtat şi între anii 1936 şi 1944.
La exact 29 de ani de la ultima aventură în Divizia B, Rapid a retrogradat din nou (1973-1974), petrecând tot un singur un an în eşalonul doi. După alţi doi ani, a urmat cea mai neagră perioadă din istorie (1977-1983), cu şase campionate la rând jucate în Divizia B.
În 1992, secţia de fotbal a clubului s-a desprins de restul secţiilor sportive şi a luat fiinţă, astfel, UFC (Uniunea Fotbal Club) Rapid Bucureşti, structură care a figurat până în 2001, când s-a transformat în asociaţie non profit, cu denumirea de AFC (Asociaţia Fotbal Club) Rapid Bucureşti.
A fost cea mai prolifică perioadă din istoria clubului intrat sub patronajul lui George Copos: titluri naționale (1999, 2003), Cupe ale României (1998, 2002), Supercupe ale României (1999, 2002, 2003), șapte plasări pe podiumul primului eșalon (de trei ori – locul II / 1998, 2000 şi 2006, de patru ori – locul III / 1996, 2002, 2004, 2005), Cupa Ligii (1994), calificare în sferturile de finală ale Cupei UEFA (2006). Societatea s-a transformat în vara lui 2006, s-a înfiinţat SC FC Rapid Bucureşti SA, societate comercială pe acţiuni având ca principal obiect de activitate crearea unui climat de performanţă pentru echipa de fotbal.
În decembrie 2012, clubul a declanșat procedura de intrare în insolvență, iar, în vara lui 2013, George Copos s-a retras și i-a cedat acțiunile lui Adrian Zamfir. Peste doar un an, clubul a fost preluat de Valerii Moraru.
Echipa a intrat într-un declin accentuat și, în 2013, a fost trimisă de TAS (Tribunalul de Arbitraj Sportiv) în Liga a II-a, pe criterii financiare, după ce disputase, totuși, un baraj (câștigat cu 2-1 în fața Concordiei Chiajna) și primele două runde ale Ligii I! A revenit imediat în prima divizie, dar, în 2015, a retrogradat pentru a șaptea oară în eșalonul secund.
În mai 2016, Rapid a putut sărbători promovarea în Liga I, dar la 14 iunie, justiția a pronunțat falimentul clubului, în primă instanță. În cele din urmă, falimentul a fost pronunțat definitiv la 14 decembrie 2016.
Începea anul cel mai negru din istoria rapidistă. Începând din toamna anului 2016, două proiecte, Asociația Fotbal Club Rapid și Clubul Sportiv Mișcarea CFR, au încercat să țină în viață spiritul rapidist, în Liga a V-a a Municipiului București. La sfârșitul sezonului, ambele grupări au reușit promovarea în Liga a IV-a.
În vara anului 2017, în parteneriat cu Primăria Sectorului 1, a fost lansat proiectul Academia Rapid, echipa fiind înscrisă în Liga a IV-a. Academia Rapid a licentiat dreptul de folosire a mărcii și și-a anunțat hotărârea de a participa la licitația pentru adjudecarea acesteia. Proiectul a fost sprijinit de comitetul de susținere financiară a Clubului Sportiv Mișcarea CFR București, nu însă și de Asociația Fotbal Club Rapid.
Contractul de licentiere a marcii da dreptul Academiei Rapid sa foloseasca sigla, culorile, si denumirea brandului „Rapid”, reprezentand modalitatea legala de reprezentare in competitiile sportive a echipei de fotbal Rapid.
În vara anului 2021, FC Rapid a revenit, după șase ani, pe prima scenă a fotbalului românesc.
În primul sezon de la promovare, giuleștenii au terminat pe locul 9, iar în stagiunea 2022/2023 au intrat în Play-Off, încheind pe poziția a cincea.
TOP 10 marcatori din istoria Rapidului:
- Ion IONESCU – 134 de goluri
- Iuliu BARATKY – 130 de goluri
- Alexandru NEAGU – 129 de goluri
- Nicolae MANEA – 117 goluri
- Daniel PANCU – 113 goluri
- Ștefan FILOTTI – 107 goluri
- Daniel NICULAE – 97 de goluri
- Ion BOGDAN – 83 de goluri
- Ion GOANȚĂ – 80 de goluri
- Ștefan AUER – 75 de goluri
